Гоа стал центром португальской колониальной империи на Востоке, местом пребывания вице-короля. На территории Индии в нее в разное время входили фактории в Кочине (1500-1663), Каннануре (1502-1656), Куилоне (1502-1653), Кожикоде (Каликуте) (1510-1616), Чауле (15234739), Крангануре (1520-е гс-1662), Бассейне (1534-1739), Бомбее (1534-1661), Диу (1534-1962), Хугли (1537-1642), Негапатаме (1540-1660), Тугикорине (1540-1658), Дамане (1559-1962), Камбее (1583-1616).

Высшее руководство колониальными владениями осуществлялось двумя государственными учреждениями в Лиссабоне - финансовым советом и советом по делам Индии. Местное управление колониями основывалось на подчинении каждой отдельной провинции непосредственно метрополии (при этом взаимные связи колоний между собой практически отсутствовали); на неограниченной власти чиновников, стоявших во главе провинций в качестве представителей короны, и их личной ответственности перед королем за время краткосрочного (как правило, трехгодичного) пребывания на высших должностях. Эти высшие должности добывались взятками, а временами официально поступали в продажу.

Королевская бюрократия в колониях выполняла не только административные и судебные функции, но и торговые. На Востоке торговля с самого начала осуществлялась только от имени португальского монарха. Сделки со всеми главными предметами вьвоза - перцем, гвоздикой, корицей, имбирем, мускатным орехом, шелком, лаками - были прерогативой короны. Чиновники закупали или собирали в виде дани товары для метрополии, продавали присланные товары или золото, следили за соблюдением договоров и монополий. Излишки - партии товара сверх того, что могло быть погружено на корабли, -уничтожались. Все морские перевозки из Португалии на Восток и обратно производились исключительно на судах королевского флота. Из метрополии товаров присылалось мало. Оплатой индийских товаров служили главным образом деньги (чеканились в Гоа) или золото из Софалы (Мозамбик). На вывозе пряностей из стран Азии португальцы извлекали обычно до 400 и более процентов прибыли.

Местные индийские правители с полным правом могли ненавидеть пришельцев из Европы, которые заставляли их заключать договоры «о дружбе» и о сдаче всей продукции в виде дани по твердым ценам или бесплатно. Всякий конкурент Португалии, достаточно сильный, чтобы поколебать ее монопольное положение на море, был для местных владетелей желанным союзником. В этом заключалась слабость португальской колониальной империи. С сильными индийскими государствами португальцы стремились заключать союзные договоры, учитывающие интересы всех сторон. Так они договорились с южным врагом султаната Биджапура - империей Виджаянагара и султаном Гуджарата на севере. Индийские правители были заинтересованы в продаже специй и покупке лошадей. Своих пород, как и традиции их разведения, у индийцев не было, поэтому даже султан Биджапура (главный противник завоевателей из Старого Света) нередко закупал лошадей у врагов. В результате в Гоа расцвела торговля арабскими скакунами. Со временем Лиссабон и Гоа стали крупнейшими рынками работорговли. Индийцы говорили о пиренейских торговцах живым товаром: «Счастье, что португальцев так же мало, как тигров и львов, иначе они истребили бы весь род человеческий».

В Индию христианство проникло еще в первые века нашей эры, но масштабная деятельность христианских миссионеров началась только в начале XVI в. Уже Васко де Гама в 1498 г. привез в Индию трех священнослужителей, один из которых стал мучеником. С Альбукерке в Гоа прибыли первые доминикацы, служившие капелланами на его кораблях. В 1517 г. - францисканцы. Сначала ненавидевшие мусульман португальцы еще проявляли некоторую терпимость по отношению к индусам. Однако одной из первоочередных задач они считали распространение католицизма, и вскоре ситуация изменилась. Случаи обращения язычников были многочисленны, но в большинстве носили только внешний, формальный характер. К принятию католичества местных побуждали не религиозные соображения, а скорее материальные, а также прямое принуждение. Во второй половине 30-х гг. XVI в., узнав о растущем числе христиан в португальских владениях в Азии, Римский Папа Павел III присвоил колониальному анклаву статус епископства и назначил первого епископа, которому по стечению обстоятельств так и не суждено было прибыть в Гоа - он умер вскоре после интронизации. Тогда Папа назначил следующим епископом отца Жоао де Альбукерке (Dom Fr. Joao da Albuquerque), который прибыл в Гоа в 1538 г.
Границы епископства простирались от мыса Доброй Надежды до Японии.