К началу XVII века в христианство было обращено свыше 175 тыс. жителей Гоа, преимущественно из низших каст и неимущих слоев. Приобщенные к католицизму получали португальские имена крестивших их священников или приходского колледжа. Такие имена, как Сильва, Корреа, Менезиш, Диаш и Соза, до сих пор широко распространены в штате. После крещения и получения нового имени часто менялся даже стиль жизни обращенного: традиции, еда, манера одеваться.

Вообще же владения лиссабонской короны в разное время включали в себя отдельные анклавы на восточной стороне Африки, на побережье Красного моря и Персидского залива, в Индии и на о. Цейлон, а также на Малайском полуострове и в Китае, что обеспечивало португальцам безраздельное верховенство в азиатской торговле. Только в начале XVII в. его стали оспаривать голландцы, британцы и французы. Именно от других европейских морских держав исходила самая большая угроза для португальских владений в Гоа. К 1600 г. португальский флот безнадежно отставал в количественном и качественном отношениях от флота Нидерландов. По конструктивным особенностям португальские корабли соответствовали канонам строительства галеонов и карак (вооруженные купеческие суда). Коравелы и флотоводцы Португалии не сразу переняли у голландцев и англичан их тяжеловооруженные, но маневренные и быстроходные фрегаты. В азиатских владениях португальцы продолжали использовать легковооруженные гребные суда, которые были эффективны против местных лодок, но безнадежно проигрывали голландским кораблям по большинству важнейших характеристик. В результате между 1629 и 1636 гг. в индийских водах голландцы захватили около 150 португальских судов. В 1637-1644 гг. они блокировали Гоа с моря, завоевали Цейлон (1638), вытеснили своих противников с части островов в Атлантическом океане, а также из нескольких факторий в Бра зилии и в Японии.

В 1641 г. лиссабонский король Жуан IV заключил с голландцами мирный договор. Отказавшись от попыток вернуть утраченное, он предоставил Голландии ряд торговых привилегий. В договор была внесена оговорка о том, что в колониях он входит в силу только через год после подписания. Этим годичным сроком Голландия воспользовалась, чтобы отобрать у слабеющего союзника Малакку, Сан-Томе и Анголу. От такого удара Португалия не скоро оправилась. Феодальная колониальная империя к середине XVII в. уступила позиции голландской Ост-Индской компании.

В 1648 г. голландцы достигли высшей точки торгового могущества в регионе. В дальнейшем они продолжили «реквизировать» в свою пользу остатки португальских владений в Индии, пока в 1663 г. не сократили их до трех пунктов - Гоа, Диу и Дамана. Голландцы первыми из европейцев разрушили португальскую гегемонию в Индии, чему немало способствовало не только техническое превосходство, но и торговая хватка северян. Их соперники везде предлагали не слишком привлекательные товары собственного производства или те же голландские, но по более высокой цене, а поэтому их не хотели покупать ни в Индии, ни в Японии, ни в других странах. Нередко португальцы пытались навязывать услуги силой. В конце концов на азиатских просторах победила та из европейских культур, которая не боялась конкуренции и делала акцент на предприимчивости, изобретательности, индивидуальной инициативе.

С ослаблением позиций метрополии пришла в упадок и торговля в Гоа. Португальский товарооборот уменьшился втрое по сравнению с 1595 г. К тому же голландцы взяли под контроль заморскую торговлю пряностями. Постепенно место Гоа в экономических приоритетах Лиссабона заняла Бразилия.

Первенство голландцев в Индии длилось недолго. Во второй половине XVIII в. Британия принялась активно расширять свои владения. Первым англичанином, посетившим Индию, был Томас Стефенс, который получил должность ректора иезуитского колледжа в Сальсетте (1579). В 1583 г. три купца - Фитч, Ньюберри и Лидс попытались наладить торговлю с Индией, но угодили в тюрьму в Гoa. Двое из них остались в Индии, а Фитч после долгих странствий по Цейлону и обеим Индиям вернулся в Англию. Развивая торговлю, британцы предпочитали средства дипломатии. Британская Ист-Индская Компания (East India Company) в 1642 г. подписала Конвенцию Гоа (Convention of Goa), предоставившую ей право торговать с колонией и пользоваться ее гаванями.

В 1780-1781 гг. португальцы присоединили к своим владениям в Гоа Бичолим (Bicholim) и Сатари (Satari), затем Пернем (Pernem) и, наконец, в 1791 г. Понду (Ponda), Сангуем (Sanguem), Квепем (Quepem) и Канакону (Сапасопа). Эти приобретения получили название Новые завоевания (порт Novas Conquestas). Таким образом, к концу ХVIII в. португальцы установили контроль над Гоа в границах, практически совпадающих с территорией современного штата.

Вторая фаза колониальных завоеваний сильно отличалась от первой. Европейцы уже не проявляли былого рвения при обращении местных жителей. К тому же их миссионерская деятельность была серьезно ограничена. В 1759 г. в Португалии и в ее заморских территориях с подачи премьер-министра маркиза Помбала (Себаcтьян Жозе де Карвалью и Мелу) король Жозе I (годы правления 1750-1777) запретил деятельность ордена иезуитов, а их имущество конфисковал в пользу короны. Это нанесло серьезный удар не только по распространению христианства и системе образования в Гоа, где иезуитские профессора занимали главенствующее положение, но и по хозяйственному положению колонии. Члены ордена инвестировали собственные средства во многие сферы экономики Гоа - мореходство и кораблестроение, строительство, торговлю и финансы. Они были хранителями королевских фондов, чеканили монеты, управляли Королевским госпиталем Гоа, отвечали за содержание фортификационных сооружений и владели обширной земельной собственностью. Изгнание иезуитов привело и к положительным результатам: теперь священники гоанского происхождения смогли занять высокие посты, ранее резервировавшиеся за европейцами, а роль инквизиции была существенно ограничена. Религиозные ордена, ранее отказывавшиеся принимать в свои ряды гоанцев-христиан, изменили политику. Пионерами здесь выступили театинцы.

Запрет в 1835 г. других монашеских орденов фактически подвел черту под многовековой историей миссионерской деятельности в колонии. Католические монахи покинули Гоа, бросив на произвол судьбы принадлежавшие им церкви и монастыри. По приблизительным оценкам в Старом Гоа остались 31 церковь, 38 монастырей, 26 больших и 40 с лишним малых часовен. В начале XIX в. большинство коренного населения Гоа получило право совершения нехристианских обрядов. В результате территории Новых завоеваний сохранили индусскую аутентичность. Именно поэтому так заметно их отличие от современных талуков Тксвади, Бардез, Сальсетте и Мормугао, входивших в Старые завоевания, где христианство активно насаждалось. Например, в Сальсетте в 1707 г. было около 100 тыс. христиан и 3 тыс. индусов. Примерно такое же соотношение поддерживалось и в других районах Старых завоеваний.